國民黨主席馬英九在台北市長任內特別費案即將偵結。中國時報報道，據知情人士透露，黨內已反覆思索因應方案，萬一馬遭檢方以貪污罪嫌起訴，會立即宣布辭去黨主席；但馬絕不會退出二○○八年大選，第一階段，會先以獨立參選模式奮力一搏，直接訴諸民意。 

　　至于第二階段，在黨務方面，依黨章規定，將先由第一副主席吳伯雄代理黨主席職務三個月。這時，黨務系統會利用這段期間發動基層連署召開臨時全代會。

　　 台灣中國時報報道，據了解，由于擔心馬準備獨立參選，可能黨內會有另一組人馬爭取提名，黨務系統也有人準備，不排除由黨代表連署提案，通過為馬量身裁衣的“政治迫害條款”；之後，甚至可能直接征召馬英九代表黨參選。 

　　據透露，黨中央內部雖然對馬英九清白相當有信心，且上任不久的秘書長吳敦義更再三以“六月雪”公開喊話，形容馬萬一遭檢方起訴的莫大冤屈。但黨內很清楚，特別費案最後起訴與否，全系于檢方一念之間，“什麼情況都可能發生”。 

　　相關人士更以“大風暴”來形容馬萬一遭起訴後對國民黨可能造成的空前震撼。首先，馬勢必面臨停權處分，主席職務無論請辭與否都必須由吳伯雄代理，所以馬先請辭，其實是避免了後續遭黨停權處分的尷尬。 

　　該人士分析，一旦馬英九請辭黨主席，吳伯雄暫行代理，“誰會來參選主席，那就有意思了。” 

　　據了解，除了熱門的王金平是黨內實力派的人選外，“很多人也不排除拱榮譽主席連戰回鍋扛起重擔”，畢竟，連操持黨務的手腕與經驗至今黨內都相當肯定。 

　　除了重選黨主席一職，可能卷起黨內馬系與連王派人馬斗爭外，黨務系統運作連署召開的臨時全代會，更將是兩方黨代表直接廝殺角力戰場。 

　　知情人士透露，雖然馬英九說過，不贊同替任何個人“量身裁衣”修改黨章，但基本上黨務系統勢必還是會全力推動黨章修改作業，替馬解套。甚至運作由全代會決議，通過直接征召馬英九參選下屆“總統”的提案。 

　　但消息人士分析，連王派人馬不可能坐視這樣的結果發生，加上參選“總統”聲勢逐漸高漲的王金平，黨內實力不容小覷。黨務系統如強力運作征召馬英九的提案，將使黨內其他人士參與初選的空間都被壓縮。屆時，黨內風暴可能無法想像。

    據透露，事實上，馬英九對因案而必須獨立參選的可能性早已有所準備，在黨部外更培養一批主要由學者籌組而成的選戰智囊團，也逐漸成形。 

　　其中主要的“鐵三角”，包括前台北市副市長金溥聰扮演關鍵的選戰操盤角色、東吳大學校長劉兆玄則擔任類似“國師”的角色、至于政治學者高朗，則是擔任重要政治議題諮詢角色。可說是各有分工，人馬也陸續在擴大當中。 

　　偵辦台北市長特別費案的查黑中心辦案人員透露，特別費案仍有不少證人需要傳喚，近期內不會結案，辦案人員自我期許在農歷年前偵結。 

　　民進黨“立院”黨團總召柯建銘表示，他不去預判馬英九會不會被起訴，只呼吁特別費案的檢察官侯寬仁，應以檢察官陳瑞仁處理“國務機要費”案的標準，來處理馬英九的特別費案。他還說，相信現在全台灣最怕侯寬仁的人就是馬英九。 

　　另據聯合報報道，前台北市長馬英九特別費案即將偵結，檢察官侯寬仁將具名撰寫偵結書類。據了解，檢調查案巨細靡遺，上周五已傳喚前副市長陳裕璋，連與報帳無關的政風處長楊石金都遭約談。

　　知情人士指出，查黑中心目前有種聲音，傾向以“追求司法獨立”為目標，在國務機要費案起訴吳淑珍之後，也以特別費案起訴馬英九，以達藍綠平衡，創造司法典範。這種說法傳到馬英九耳中，馬英九相當吃驚。

　　市府官員表示，檢調單位查帳非常仔細，馬英九與夫人周美青的幾個戶頭全被清查，確認馬英九的資金流入、流出狀況。黨政人士憂心，若馬英九每月花費不完特別費額度，便有特別費流入私人帳戶問題，若檢方不采認市府高層所采“水庫說”，馬便有適法性爭議。