中央电视台报道，南水北调东线和中线工程明年将正式通水，但中线水源地之一湖北丹江口水库，水质已受严重污染，水面漂浮生活垃圾、屎水横流，恍如天然化粪池。上游陕西安康市紫阳县沉淀池年久失修，城市污水未经处理直接排入江中。河北几个村落，南水北调工程的雨水导流渠成污水沟，墨绿色污水散发臭气，距南水北调明渠不到10米。
屎水横流 散发臭气
更为恐怖是，南水北调工程沿线经过众多癌症高发区。中线工程所经河南淮河流域就是癌症高发区。国家疾控中心上月底发布《淮河流域水环境与消化道肿瘤死亡图集》显示，该地区被称为「癌症村」者数以十计；东线流经山东、河北等地「癌症村」亦多不可数，沿线426个污染控制工程虽已建成，但河水即使经过处理，还是连灌溉标准都达不到。
南水北调办公室主任张基尧坦承，该工程要保证水源质量「还有很长的路要走」。有专家估计，内地现有「癌症村」约459个，且有不断增多趋势。
投资5,000亿 影响生态
南水北调工程是当今世界最大远距离调水工程。工程包括东线、中线和西线三条线路，总投资高达5,000亿元，总工期长达50年。当局预计工程全部建成后，每年调水量相当于一条黄河水量，可有效缓解华北地区水源紧缺状况，对保障中国粮食安全，改善生态环境及促进西部大开发具重大意义。
但随着东线和中线工程自2002和2003年相继开工，专家和环保部门即不断发出警告，指工程对流域生态环境「负影响」十分强烈，并存在调水实施后进一步恶化的可能。早在2006年，淮河水资源保护科学研究所就提出，东线工程可能会使干线水质迅速恶化，发生严重水污染事件。
中国环境科学院研究员赵章元指，南水北调沿途的污水，要归咎各地地方环保部门不作为，因当地最了解严重污染的事，都不去做，那就一定会有重污染。
