台灣國安局長許惠佑10月1日在立法院證實，大陸目前確實已做“嚴重準備”，並將台灣推動入聯定位在“走向法理台獨的重要步驟”，國安局對此已成立相關機制對各種狀況做出分析，這個機制是在朝野各自推動入聯或返聯活動後成立，成員未包括調查局。

親民黨立委張顯耀10月1日在立法院質詢時指出，有美方消息警告台灣，如果入聯公投再推下去，阿扁可能會有“意外”。他認為這句話有兩種可能，一是陳水扁的人身安全發生意外，二是美方真的有“意外禮物”要送給阿扁。

張顯耀不願透露“意外”說是美方何種層級所言，僅表示他乍听時也“嚇了一跳”，所以詳情他也還需要了解。但國民黨熟悉美中台關系的幕僚表示，國民黨也听過類似訊息，包括“攻擊陳水扁官邸”。

對此國安局長許惠佑在國防委員會答詢時表示，國安局並未獲得這方面情資，不過台灣推動入聯“當然是一個震蕩”，只是美方雖然將不滿形諸外界，但對台基本立場並未改變，他認為，美方也是采取雙重嚇阻策略，嘴巴上講話雖然較硬，但目前看來立場並沒有改變。

國民黨幕僚引述知名華裔軍事評論家、加拿大“漢和防務評論”總編輯平可夫的文章指出，民進黨強推以台灣名義入聯，已經讓大陸“無法繼續忍耐”，他認為，在全面開戰“大打”尚無可能的情況下，大陸最可能采取的動作是小規模的示警作戰行動。

熟悉兩岸事務國民黨高層也透露，公投入聯的事對美方來說還沒結束，可以預見的是美方仍會繼續對陳水扁施壓，因此陳水扁在今年雙十節所發表的演講，也將成為美對陳水扁的重要觀察指標。